Hej - og tillykke med huset!
Jeg vil tro, at du får det bedste resultat ved at fjerne det gamle beklædning, og bygge op fra nyt. Der skal gerne være ventilation bag den slags træbeklædning, samt vindpap ind mod eventuel isolering.
Hvis huset/beklædningen er gammelt, ville jeg selv foretrække at komme ind og se tilstanden af eventuel vindpap samt isolering. Det ville være surt at lave ny beklædning nu, for så at opdage at der er problemer længere inde bagefter.
Med lidt held vil du kunne lave den nye beklædning i samme tykkelse, og dermed slippe for at flytte dine vinduer. Det burde også spare dig for noget finish-arbejde indvendigt.