Hej.
Alternativet er, at du skærer de sidste fuger ud, så du får ens fuge på hele trappen nu hvor der ikke er særlige mange fliser tilbage og så ville jeg fjerne flisen ude på kanten, så du har bedre mulighed for at styrer fliserne.
Jeg vil starte med, at fjerne resterne på de fliser der er taget af, især fugen der er langs kanten.
Derefter ville jeg fjerne resterene fuge op af de fastgjorte fliser, ved de røde afmærkninger, ellers vil du ikke få det til at passe sammen.
Derefter vil jeg sætte en diamant kopsliper på vinkelsliberen, billigst i jem og fix, og slibe 3-4 mm af ved den bå afmækning.
Så ville jeg støvsuge overfladen, så den bliver helt ren for støv og korn.
Derefter ville jeg blande en tynd fliseklæb og pensle en heldækkende lag på de grønne afmærkninger, hvor du har de dybehuller og det må meget gerne komme op over kanterne.
Imens det er vådt. Påfører du en blanding af oventøret/kvartssand og basic cement, - 1 cement 3 sand, så du får fyldt hullerne ud. Når det er tørt kan du så gå videre.
Nu kan du så blande en omgang fliseklæb igen til limning af klinkerne.
Når du har blandet den, så vendt 10 min og bland den op igen, så bliver den dejlig luftig og nem at arbejde med.
Fliserne limes fast med den nødvendige fugebredde og brug et vatterpas til at flugte fugerne med, så de bliver lige og for at overfladen bliver plan. Hele flisen skal helst rammer vaterpasset. Husk der skal lidt fald ud af, men det burde der være i forvej, så vandet ikke løber ind mod døren,
Det ville være en god ide, hvis der er muligt, at få fliserne gravet minimum 5 mm ud over kanten af trappen, så vandet ikke løber om bag klinkerne og løsner dem.
Når klnikerne er tører, der vil gå 2 dage, kan du nu fuge klinkerne.
Den fuge der er brugt før imellem klinkerne er en sand og cement fuge. Jeg vil råde dig til at bruge det igen, Da trappen har en masse fugt der kommer oppe fra og ned og nedefra og op, Det gør det ikke i et badeværelse. Derfor ville en sand og cementfuge holde længere og bedre, da den er meget mere diffutionsåben end et fugeprodukt.
Det overskydene Oventøret/kvarts sand er beregnet til dette. Her skal der laves en blanding der hedder 1 basic cement og 2,5 ovetøret sand. Dette blandes først sammen i tør tilstand og derefter hælder du vand i. Blandingen skal være okay tynd, men stadig så den hænger sammen.
Når du har fyldt fugerne ud kan du faktisk med det samme tage en murersvamp og dybbe den i vand. Vrid svampen så den har en fugtig tilstand. Hele trappen vaskes af i cirkler 2 gange og til sidst to gange diagonalt, hvor du vridder svampen i vand for hvert lige tag du laver.
Hvis der er overskydende sand, cement og lim kan du også filse siden på trappen.
Siderne penslet heldækkende ind med en tynd fliseklæb og mens det er vådt kan du påfører en sand og cementblanding igen 1 - 3, som du kan filse over med murersvampen og køre en pensel langs kanterne.
Hilsen Martin. 
P.S
Hvis du vil have fugerne lysegrå, dækkes fugerne ikke af med plast. Hvis du vil have fugerne til at blive mere mærke i det ligger du plastik stramt hen over til det er hærdet.
Det er med en sand og cement fuge.